Der Planet Gaia befindet sich in einer misslichen Lage.
Kaum ward die eine Gefahr gebannt, der Henker des Planeten - Sephiroth - scheinbar besiegt, haftet sich eine tödliche Krankheit an die Fersen der Menschen. Die vom "Geostigma" Geplagten, verdammt dazu, Qualen zu erleiden und eines grausamen Todes zu sterben, stellen fest dass das lang ersehnte friedliche Leben nicht möglich ist. So kämpft auch Cloud der sich in's Exil zurückgezogen hat, mit dem Vermächtnis seines Todfeindes. Doch das ist nicht alles. Die Krankheit bringt einige unerwünschte Gäste mit sich, in dessen tiefstem Inneren ein Verlangen besteht, welches Cloud nur allzu gut kennt...
Als der Einzige der je in der Lage war, seinen Nemesis Sephiroth aufzuhalten, liegt es nun wieder an Cloud sich der Wurzel allen Übels zu stellen, in der Hoffnung sie ein für alle Mal auszulöschen und vielleicht sogar eine Heilung für die Krankheit zu finden...

Zwei Jahre sind vergangen und Sephiroth, das ultimative Böse selbst wurde endlich vernichtet. Und doch schwebt über Cloud und den Helden, sowie der Welt Gaia selbst der dunkle Schatten von Cloud's ehemaligem Mentor.