Der Krieg der Magi zerstörte vor langer Zeit die Welt und die Magie hörte auf zu existieren.
Tausend Jahre später ...
Eisen- und Dampfmaschinen wurden wieder entdeckt und aufgebaut und eine hohe Technologie regiert die Welt.
Aber da sind die, die die Welt mit der Magie versklaven wollen.

Terra wurde vom Imperium gefangen genommen, das versucht ihre Kräfte für sich zu nutzen. Doch ihr gelingt die Flucht und sie trifft auf Locke, der ihr hilft. Das Imperium jagt nach ihr und immer weiter taucht ihr in die Vergangenheit von Terra ein. Auf der Suche nach dem was Terra so besonders macht und um den Kampf mit den weiteren Gefährten gegen das Imperium zu bestehen.

Final Fantasy VI wurde in der Neuauflage durch einige gerenderte Sequenzen erweitert.

Das Game erschien 1994 für den SNES in Japan und 1994 unter dem Namen Final Fantasy III in den USA.