Das fünfte Kapitel der Geschichte beginnt mit dem Vorhaben, Aerith zu besuchen. Am Speicherpunkt stellst du fest, dass du einige neue Missionen hast. Jetzt kannst du immernoch die Materia im Materia Room erschaffen, bzw. im Training Room Kniebeugen machen. Dabei musst du immer wenn Zack sich bückt, den "X"-Button drücken. Nach 5 hintereinander erfolgreichen Kniebeugen beschleunigt Zack. Nach dem dritten mal dann nicht mehr. Besiegst du einen Konkurrenten, kannst du gegen den nächsten antreten. Dabei gewinnst du  Schlüsselobjekte für ein späteres Kapitel. Im Briefing Room kannst du durch das Sprechen mit zwei SOLDIER eine neue Nebenmission freischalten, solltest du es noch nicht getan haben. Desweiteren liegt in Zack's Fach die "Feura-Materia". Zwischen Briefing und Materia Room kannst du dich dann mit einem Rang 2 SOLDIER unterhalten, welcher dich fragt, wer für dich die "Nummer 1" ist; dabei stehen Aerith und Cissnei zur Auswahl. Betritt dann den Aufzug. Lazard hat dir in seinem Büro ebenfalls etwas zu erzählen. Fahre dann nach unten in die Eingangshalle. Der Soldat über der Treppe und die zwei sich unterhaltenden Personen bescheren dir wieder jeweils eine weitere Mission. Wie ein paar andere, die man sich auch zuvor bereits holen konnte, befassen sie sich mit dem Beseitigen von Monster um Midgar. Wenn du sie dir zuvor noch nicht geholt hast, kannst du das auch jetzt noch und sogar später in Kapitel VII tun. In Kapitel III sind bereits diverse Fundorte der Personen, die du brauchst, erwähnt.

Auch im Vehikel-Ausstellungsraum erhältst du eine Mission, solltest du den Wissenschaftler ansprechen (erst müssen die Missionen 2-1-1 bis 2-1-5 gemacht werden, die man unter anderem von oben erwähntem Soldaten, dem Mädchen im Slum von Sektor 5 und dem Chocobo-Jockey-Fan in der LOVELESS-Chaussee bekommst und sich mit dem Beseitigen der Monster um Midgar herum befassen). Erledige dann die Mission 2-1-6, die du bekommst und laufe erneut in den Vehikelaustellungs-Raum, damit dir der Wissenschaftler etwas über die Cetra Iphalna erzählt. Danach bekommst du ein Schlüsselobjekt, das "Mithril-Werkzeug" für Aerith.

Betritt dann das LOVELESS-Chaussee und sprich den SOLDIER und wieder den weiblichen Genesis-Fan in der Gasse an. Nach dem Gespräch mit dem SOLDIER musst du Wutai-Spione nach einer bestimmten Reihenfolge finden und jeweils drei mal ansprechen. Der erste ist gleich in diesem Screen im Nordwesten. Danach geht es nur ganz kurz storymäßig weiter.

Laufe dann über den Bahnhof zum Markt des Sektors 5, wo du auf Angeal triffst. Nach dem Gespräch fliegt er wieder weg. Danach geht es weiter mit der Nebenaufgabe. Der zweite Spion ist der Soldat im Markt des Slums von Sektor 5. Der dritte ist der Mann in der Einganghalle des ShinRa-Hauptquartier, wenn du die Treppe zum Aufzug hochläufst, zurückläufst und ihn dann ansprichst, wenn er aus dem Aufzug kommt. Ein weiterer ist im normalen Screen des Sektor 8 über der Treppe mit dem Speicherpunkt. Der Mann vor der Rakete im Vehikelausstellungsraum des ShinRa-HQ ist ebenfalls einer. Der letzte ist der Junge am Spielplatz des Sektor 6 Slum. Nun hast du sechs neue Missionen freigeschaltet, außerdem erhältst du das Objekt "Walnussholz", welches du später in einem anderen Kapitel gebrauchen kannst. Hinter dem Riesen-Moogle-Haus auf dem Spielplatz von Sektor 6 findest du eine Frau. Sie ist die Gründern des "Sephiroth-PremiumFanclubs". Nach drei bestandenen Fragen, trittst du dem Club bei:

Welche Waffe führt Sephiroth?

1. Kikuichimonji
2. Masamune X
3. Meisterschwert

Wie nennt sich Sephiroth's Spezialattacke?

1. Super Nova X
2. Mega-Flamme
3. Omnischlag

Welcher Händer ist Sephiroth?

1. Rechtshänder
2. Linkshänder X
3. Ambi (Beidhänder)

Alles erledigt, geht es nun auf zur Kirche. Die Treppe zur Tür hinaufgegangen, fliegt Tseng mit einem Hubschrauber her. Nachdem klar wird, dass er Aerith kennt, nimmt er Zack mit zu seiner nächsten Mission. Unterwegs nach Modeoheim wird der Hubschrauber attackiert und sie landen im Modeogebirge in der Eiszapfen-Region. Speichere am Speicherpunkt und laufe dann einfach den Weg entlang durch die Screens. Währenddessen macht Zack Bekanntschaft mit einem der Mission zugeteilten ShinRa-Soldaten: Cloud. Nun hast du ihn auch im D.M.W freigeschaltet. Drehe dich nach der Szene um und laufe geradeaus den neuen Weg weiter (welcher nicht zum Helikopter führt und auch zuvor nicht auffiel), und einen "Dämonenbann" zu finden. Danach geht es weiter den vorherigen Weg zu Ende zu laufen, wo ihr euch in der Nähe einer von Genesis-Klonen besetzten Fabrik auf die Lauer legt. Sprichst du dann noch mit Cloud, erklärt er dir die Situation die gleich folgen wird. Laufe rechts den Weg hinunter und speichere am Fuße des Weges.

Nun ist es an der Zeit, sich an den Klonen vorbei in die Fabrik zu schleichen. Du kannst entweder warten, bis sie abziehen. Dies geschieht, wenn sie dich oft genug erwischt haben und alle fünf Kisten die hier draußen herumliegen weg sind. Oder du versuchst dein Glück an den Kisten und schleichst dich eventuell auch so hinein. Davor wir dir erklärt, wie du Zack's Körpertemperatur erhöhst und wie du dich duckst. Wenn du gleich in die Fabrik willst, musst du nur nach rechts an der Kiste mit der "Langsam"-Materia vorbei und dann weiterlaufen wo eine Wache und eine Kiste mit "Hermesstiefel" sind. Du kommst dann hinein, wenn dich die Wache nicht sieht und du dich nahe dem Aufenthaltsort der zuletzt erwähnten Kiste bückst, bis die Wache in die andere Richtung geht. Neben dem Eingang steht dann noch eine Kiste mit einer "Perlenkette". Willst du aber alle Kisten, laufe zu aller Erst nach links wenn die dort stehende Wache weg geht. Dann leere die Kiste mit der "Powerschlag"-Materia. Laufe der Wache dann nach ohne von ihr gesehen zu werden und nimm die Materia "Tod" welche in der Kiste in der Ecke links von dir liegt. Nun musst du gut darauf aufpassen, wie die Wachen umhergehen. Achte darauf, ob eine Wache ganz nach rechts geht, wo oben erwähnte Wache nahe des Eingangs ebenfalls herumläuft. Wenn dies der Fall ist, dann gehe vorsichtig dieser Wache nach, ohne erwischt zu werden. Danach musst du dich rechts an der Mauer mit der Schatzkiste bücken und warten, bis die Wache wieder in die andere Richtung geht. Nun die Schatzkiste mit der Materia "Langsam" geleert, musst du dann nur noch wie oben bereits erwähnt auf die Schritte der letzten Wache achten und dich an der Wand  an der Einbuchtung mit der vorletzten Schatzkiste verstecken und warten bis die Wache abzieht. Dann schnappst du dir noch die letzten beiden Kisten und dann geht es hinein. Wie du es machst, ist ganz egal. Du kannst dich auch immer wieder erwischen lassen, die meisten Schatzkisten verpassen und somit auch die Wachen abziehen lassen, aber das kostet dich eben einige schöne Dinge.

Die Fabrik betreten, laufe zuerst die Treppe den ganz Weg links hinunter, um einen X-Trank zu erhalten, während du dich an G-Angreifern, G-Kämpfern und G-Zerschmetterer vorbeikämpfst. Danach geht es vom Eingang aus nach rechts weiter. Speichere und fahre mit dem Aufzug nach unten. Nach einer Szene mit Genesis und Hollander betreffend des Zustandes in dem sich der Rang 1 SOLDIER befindet, musst du dich ihm entgegenstellen...

Nach der überraschenden Szene und einem im D.M.W freigeschaltenen Genesis verlässt Zack das Gebäude. Laufe durch den freigelegten Durchgang und speichere im nächsten Screen. Zwischen und vor den Hütten findest du jeweils eine Kiste mit 3000 Gil und einer "MP-Plus"-Materia und nahe des Eingangs des Modeoheim-Freidbades eine Truhe mit einer "Eis2"-Materia. Marschiere in das Freibad. In der Kiste rechts und sofern du weiter in den Raum und danach nach links läufst, findest du eine Kiste mit einem "Hi-Trank" und in der anderen ein "Äther". Außerdem kannst du hier die Nachrichten auf dem Telefon westlich abrufen, indem du die oberste Option wählst. In derselben Ecke wie eine der Schatzkisten findest du auch eine orangene Materia wenn du die Kamera drehst, sofern du die Nachrichten abgerufen hast. Stelle dich davor und nimm den "Power-Griff" an dich. Danach geht es vom Eingang aus weiter nach links; nimm' noch das grüne Rad im Schutt am Boden und laufe in den nächsten größeren Screen, wo ein kurzer Zwischenkampf stattfindet.

Öffne die Schatzkiste nahe der Treppe mit dem "Äther" und ignoriere vorerst die, die unerreichbar im Wasser steht. Laufe dann die Treppe hoch und sprich mit Tseng und Cloud, bevor du den nächsten Screen betrittst. In diesem angekommen, nimm die Treppe nach unten und sieh' dich nach einer anderen Treppe um. Unter dieser befindet sich eine Kiste mit einem "Viertes Armband". Die neue Treppe nach oben gelaufen, versuche dich an der Dampfmaschine. Unbenutzbar wie sie ist, musst du über das grüne Rad verfügen, welches am Eingang des Freibades gelegen hat, beziehungsweise immernoch liegt. An die Dampfmaschine angeschraubt, kannst du damit dann den Dampf abstellen. In einem Rohr unten welches einen großen Riss hat und aus dem zuvor noch Dampf strömte, steckt der "Blitzarmband", den du dir nun sichern kannst. Kehre dann noch zu vorhin erwähnter Schatzkiste im Wasser zurück und öffne sie, um die "EntZauber"-Materia an dich zu nehmen. Kehre dann den ganzen Weg bis zur Dampfmaschine zurück und laufe dort aus der Wand. Speichere und laufe den restlichen Weg weiter bis du auf Angeal triffst. Hollander stößt hinzu und nach einer aufschlussreichen Erklärung, zwingt Angeal Zack endgültig, ihn zu bekämpfen und zu erlösen, um das Unheil zu verhindern...

Angeal's JENOVA-Mutation erledigt, kniet Zack nun vor seinem alten im Sterben liegenden Mentor. Ihn lobend und ihn darauf hinweisend, er solle immer an seinen Träumen festhalten, schenkt er ihm das Meisterschwert. Danach verstirbt er, Zack in seiner Trauer alleine lassend.

Nach dem Trost Aerith's und einiger verstrichener Zeit ist Zack einer der besten SOLDIER. Durch die Reihen normaler ShinRa-Soldaten gehend, tippt er Cloud auf die Schulter und rät ihm, sich an zustregen, wenn er auch ein SOLDIER werden will. Weiterhin befehligt er eine kleine Truppe anderer SOLDIER. Damit beginnt ein neuer Abschnitt in Zack's Leben.